Из-за постоянной циркуляции и перемешивания ветровыми течениями химический состав воды в Байкале сравнительно однороден. Так как озеро заполняется поверхностными водами, неуспевающими насытиться солями, байкальская вода слабой минерализации и соответствует стандартам на самую высококачественную питьевую воду. Это мягкая вода гидрокарбонатного класса. В среднем на долю гидрокарбонатов кальция и магния приходится 84%, хлоридов и сульфатов - 7% и щелочных металлов - 9% эквивалент ионов. Поступающие в озеро воды претерпевают при метоморфизации глубокие изменения в своем химическом составе, в результате чего вода Байкала принадлежит к гидрокарбонатно-кальцево-сульфатной (НСО-3 - Са2+ - SО42+) гидрохимической фации. Имеет слабощелочную реакцию из-за наличия в ней натрия, кальция, магния, калия и низкого содержания свободной углекислоты.